【強い農業づくり総合支援交付金シリーズ 第4回】強い農業づくり補助金の対象設備一覧｜使える施設・使えない費用を徹底解説 

そう感じている食品メーカーのご担当者の方、この記事がまさにその答えです！ 

「どんな設備なら補助金の対象になるの？」は、現場で最もよく聞かれる質問のひとつです。 

今回は対象となる施設・設備を7つのカテゴリに分けて整理し、「対象外になりやすいもの」や「設置場所による違い」も含めて実務レベルで解説します！ 

それでは、「使えるもの」から順番に見ていきましょう。まずは対象となる施設・設備の全体像を一覧で整理します！ 

1.【一覧】対象となる施設・設備 

強い農業づくり総合支援交付金（産地基幹施設等支援タイプ・食料システム構築支援タイプ）で対象となる施設・設備を、以下のようにカテゴリ別に整理しました。 

カテゴリ	対象となる施設・設備	具体例
集出荷施設	農産物の集荷・選別・出荷を行う施設	選果場、パッキングセンター（農産物の選別・梱包・出荷を一括で行う施設）、自動選果ライン、野菜集出荷場
貯蔵・保管施設	農産物の品質を維持しながら保管する施設	予冷庫、CA貯蔵庫（空気組成を調整して鮮度を保つ貯蔵設備）、冷凍冷蔵倉庫、乾燥貯蔵施設、米穀貯蔵サイロ（穀物を大量に保管する大型の貯蔵タンク）
乾燥調製施設	穀物等の乾燥・調製を行う施設	ライスセンター（稲を乾燥・精米する共同施設）、カントリーエレベーター（米の倉庫）、乾燥機、色彩選別機（色や形をセンサーで判別し、不良品を自動で取り除く装置）
一次加工施設	原料の洗浄・カット・冷凍等の一次加工（原料の形を整えて保存性を高める処理）を行う施設	野菜カット工場、冷凍加工施設、皮むき・カット・ブランチングライン（下茹でする工程）
物流関連	産地から実需（食品メーカーなど農産物を買って使う側の事業者）への効率的な輸送を支える施設	中継物流拠点、共同配送センター、コールドチェーン設備（低温を保ったまま輸送する仕組み）
品質管理・DX	品質向上やサプライチェーン（調達から出荷までの流れ）最適化のためのシステム	糖度・酸度計測装置、トレーサビリティシステム（生産履歴を記録・追跡できる仕組み）、受発注・在庫管理システム
GX・省エネ設備	脱炭素・省エネ（GX：温室効果ガスを減らしながら経済成長を目指す取り組み）につながる設備（2026年注目分野）	省エネ型冷凍冷蔵設備、廃熱利用ボイラー、太陽光発電、ヒートポンプ乾燥機（電力で熱を効率的に作り出す省エネ乾燥機）

中でも2026年に注目すべきは、最後のカテゴリ「GX・省エネ設備」です！ 

🔴 【2026年注目】GX（脱炭素）設備は優先採択されやすい 

原油価格の高騰や国際情勢の不安定化でエネルギーコストが経営を圧迫するいま、国は「経済安全保障」「エネルギー強靭化（エネルギー供給が途絶えても事業を止めない体制づくり）」を重点政策に掲げています。この流れを受けて、GX関連設備は優先的に採択される傾向が強まっているのです！ 

計画書で「CO₂削減効果」「エネルギーコスト削減率」をロジカルに数値化できると、採択審査で有利になります！ 

ここまでが対象施設のカテゴリです！ただし、これらの施設が補助対象になるためには、いくつかの共通要件を満たす必要があります！ 

■ 対象設備の共通要件 

上記の施設であっても、補助金の対象になるには以下の4つの条件をすべて満たす必要があります。 

以上の共通要件を押さえたうえで、次は「対象外」の落とし穴を確認していきましょう。 

2.【注意】対象外となるもの 

以下のものは対象外となります。食品メーカーが「この設備も対象になるだろう」と思い込みやすいものも含まれるので、注意が必要です。 

対象外となるもの	理由・補足
食品メーカーの自社工場内設備	「産地の施設」ではないため対象外。経産省系補助金（成長加速化、新事業進出等）を検討
特定企業専用の設備	「複数の農業者・産地全体に便益」が要件。1社だけが使う設備は不可
二次加工・最終製品製造設備	レトルト充填、製菓・製パン、惣菜製造等は「一次加工」を超えるため対象外
小売・飲食向け最終パッケージング	消費者向け最終包装は流通段階とみなされ、対象外となることが多い
既存施設の単純更新・維持補修	機能向上を伴わない「現状維持」は対象外。能力増強・機能追加が必要
汎用的な事務機器・車両	PC、一般事務用品、普通乗用車等は対象外（専用トラック・冷凍車等は検討可）

これらの対象外の中でも、食品メーカーが最も判断に迷うのが「一次加工」と「二次加工」の境界です。 

■ 「一次加工」と「二次加工」の境界線 

以下の表で整理しました！ 

✔ 一次加工（対象になりやすい）	✖ 二次加工（対象になりにくい）
洗浄、選別、カット、ブランチング（下茹で） 冷凍、乾燥、粉砕、搾汁（果物や野菜を搾って汁にすること）  皮むき、種抜き、ヘタ取り	調理、味付け、調味  レトルト加工、缶詰製造  製菓、製パン、麺類製造  惣菜製造、弁当製造

対象外の把握ができたところで、もう一つ重要な「設置場所」の問題を整理します。 

3.【重要】「どこに」設置するかの問題 

実は、まったく同じ設備でも、設置する場所によって「対象」にも「対象外」にもなります。 

設置場所	対象になりやすさ	ポイント
産地内 （JA敷地、産地センター）	◎ 最も対象になりやすい	産地の共同利用施設として整合性が高い
産地と実需（食品メーカー等）の 中間地点（物流拠点）	○ 条件次第で対象	広域物流の効率化など、明確な目的が必要
食品メーカーの工場敷地内	△ 原則対象外	自社専用施設とみなされやすい。経産省系補助金を検討
消費地 （都市部の物流センター等）	✖ 対象外	「産地」の施設ではないため対象外

表を見て『なぜ場所でこんなに差がつくの？』と思った方もいるかもしれません。 

理由はシンプルです！ 

■ なぜ設置場所が重要なのか 

この補助金はあくまで「産地の施設を整備する」ための制度です。そのため、食品メーカーの工場敷地内に設置すると、たとえ産地から届く原料を受け入れるための施設であっても、「それはメーカーの自社設備でしょう」と判断されやすくなるのです。 

 設置場所の原則が整理できたところで、実際の費用感を見ていきましょう！

4.【参考】設備投資の費用感 

参考として、強い農業づくり総合支援交付金で整備される施設の費用の目安を示します。 

規模感	事業費目安	施設イメージ	補助額 （1/2の場合）
小規模	5,000万〜1億円	予冷庫増設、選別ライン更新、DX（デジタル技術を使った業務の効率化）システム導入	2,500万〜5,000万円
中規模	1億〜5億円	集出荷施設新設、冷凍冷蔵倉庫、カット野菜ライン	5,000万〜2.5億円
大規模	5億〜15億円	大型ライスセンター、広域集出荷施設、大規模冷凍加工施設	2.5億〜7.5億円
超大規模	15億円以上	県域・広域の物流拠点、複合型産地センター	7.5億円以上

※費用はあくまで目安です。立地、仕様、建築条件等によって大きく変動します。 

また、2026年現在、注意すべき大きな変動要因があります！ 

費用が上がっている中で気になるのが、「そもそもこの補助金にはいくらまでという上限はあるのか？」という点です。 

では、費用感を把握したうえで、食品メーカーに直接関係の深い施設パターンを具体的に見ていきます。 

5.【具体例】食品メーカーに関係の深い施設パターン 

「実際にどんなケースで使われるのか」をイメージしやすいように、3つのパターンに分けて紹介します。 

パターン①：加工用野菜の一次処理施設 

【想定シーン】	【施設イメージ】
食品メーカーが国産野菜（トマト、玉ねぎ、キャベツ等）の調達を増やしたい 現状は産地から「原体（加工前の農産物そのまま）」で入荷し、自社工場で洗浄・カットしている 産地側で一次処理（洗浄・カット・冷凍）まで済ませてもらえれば、自社の生産効率が上がる	産地内にカット野菜工場を新設（洗浄・カット・ブランチング（加熱処理）・冷凍ライン）  JA主体で建設、食品メーカーは5年の長期契約でコミット（取引量を約束）  事業費：約3億円、補助額：約1.5億円（1/2）

パターン②：果汁原料の集出荷・貯蔵施設 

【想定シーン】	【施設イメージ】
飲料メーカーが国産果汁（みかん、りんご等）の調達を安定させたい  収穫期に集中する原料を、年間通じて安定供給したい 産地側の貯蔵能力がボトルネックになっている	選果場の拡張＋CA貯蔵庫（鮮度を保つ特殊貯蔵庫）の新設  JA連合会主体で建設、飲料メーカー2社が連携者として参画  事業費：約5億円、補助額：約2.5億円（1/2）

パターン③：サプライチェーンDX＋品質管理システム 

【想定シーン】	【施設・システムイメージ】
食品メーカーが輸出を視野に入れ、生産履歴のトレーサビリティ（追跡管理）を強化したい  産地〜工場の受発注・在庫管理を効率化したい  需要予測に基づく契約栽培を実現したい	トレーサビリティシステム導入（QRコード管理、生産履歴記録） 受発注・在庫管理システム（クラウド型） 糖度・酸度計測装置（光センサー式） 事業費：約8,000万円、補助額：約4,000万円（1/2）

具体的なパターンが見えたところで、最後に経産省系との使い分けを整理します。 

6.【判断】経産省系補助金との使い分け 

ここまで見てきたように、強い農業づくり総合支援交付金は「産地の施設」が対象です。では、食品メーカーの「自社工場内の設備」を整備したい場合はどうすればよいのでしょうか？ 

第1回でも触れましたが、これらの補助金は「どこに投資するか」で使い分けるのが基本です。