【強い農業づくり総合支援交付金シリーズ 第8回】よくある質問（FAQ）｜ 規模・JA・費用・期間を解説 

このシリーズを通じて、強い農業づくり総合支援交付金の活用方法を解説してきました。第8回では、食品メーカーの担当者からよく寄せられる疑問にQ&A形式でお答えします。 

1. 【規模】うちの規模でも使えるのか 

年商10億円程度の中小食品メーカーですが、この補助金は使えますか？ 

使えます。 

強い農業づくり総合支援交付金には、食品メーカーの規模による制限がありません。 

年商数億円の中小企業から数千億円規模の大企業まで、さまざまな規模の食品メーカーが「拠点事業者（計画全体の中核を担う事業者）」や「連携者」として参画しています。 

調達量が少なくても大丈夫ですか？（年間100t程度） 

産地との連携の「本気度」が示せれば大丈夫です。 

調達量の多い少ないより、「長期契約で安定して買い続けてくれるか」「産地にとって意味のある取引か」が重要視されます。 

年間100tであっても、産地にとって重要な取引なら十分です。逆に大量調達でも「毎年値段を叩く」スタンスでは評価されません。 

大企業（年商1,000億円以上）は対象外ですか？ 

対象です。 

農水省系の補助金は、経産省系（経済産業省が管轄する補助金群）と異なり「中小企業」の縛りがありません。 

大企業でも「拠点事業者」として産地と手を組み、国産原料の安定調達に貢献する計画があれば申請できます。 

では、そもそもJAや産地との関係がまったくない場合はどうなるのでしょうか。次のセクションで確認しましょう。 

2. 【関係性】JAや産地との関係がなくても大丈夫か 

現時点でJAや産地との付き合いがまったくありません。それでも使えますか？ 

使えます。 

むしろ、「これから産地との関係を構築したい」という食品メーカーにこそ活用のチャンスがあります。 
県の農政部局（農業政策を担当する行政部署）に相談すれば、貴社の調達ニーズに合った産地を紹介してもらえることが多いです。 

JAを通さず、農業法人や生産者グループと直接連携することは可能ですか？ 

可能です。 

JAだけでなく、農業法人、生産者グループ、農事組合法人なども「産地側の主体」になれます。 

重要なのは「複数の農業者が便益（メリット）を受ける」設計になっていることです。特定の農家1軒だけとの取引では対象になりにくいですが、地域の農業者グループと連携する形であれば問題ありません。 

産地との関係構築には、どれくらいの時間がかかりますか？ 

一般的には1〜2年かかります。 

「試験取引→規格調整→信頼関係構築→長期契約」というプロセスを経て、補助金申請に至るのが成功パターンです。 

「今すぐ補助金を使いたい」というスピード感では難しいですが、中長期的な視点で取り組む価値は十分にあります。 

続いて、気になる「費用」の話に移ります。自社申請と専門家依頼、それぞれにかかるコストを整理しましょう。 

3. 【費用】申請にどれくらいの費用がかかるのか 

補助金申請にかかる費用は？

自社で申請する場合、直接的な費用はほとんどかかりません。 

ただし、計画書の作成・県との調整・産地との協議には相応の「人件費（担当者の工数）」がかかります。専任担当者が準備に当たる場合、6ヶ月〜1年分の工数を見込んでおいてください。 

専門家（コンサルタント）に依頼する場合の費用は？ 

対応できる専門家が少なく、費用も高額になる傾向があります。 

農水省系の補助金は、ものづくり補助金などの経産省系と比べて工数が圧倒的に多いのが特徴です。県との調整・産地との協議・関係構築など、1〜2年にわたる長期サポートが必要になります。 

そのため、着手金＋成功報酬で数百万円〜、大型案件では2,000万円を超えることもあります。 

💡 費用対効果で考える 

専門家費用が2,000万円かかったとしても、補助額が2億円なら「2,000万円の投資で2億円の補助を獲得」——ROI（投資対効果）は10倍です。 

高額に見えますが、補助額の規模と比較すれば十分にペイする投資と言えます。 

専門家費用は補助対象になりますか？

計画策定や申請書作成の費用は、原則として補助対象外です。 

ただし、採択後の事業実施段階で必要となる専門家費用（設計監理、システム構築のコンサル等）は補助対象になる場合があります。 

費用の次は「期間」です。補助金申請から施設が稼働するまで、具体的にどれくらいの時間が必要なのかを見ていきましょう。 

4. 【期間】どれくらいの期間がかかるのか 

補助金申請から施設稼働まで、トータルでどれくらいかかりますか？ 

最短で2年、一般的には2〜3年かかります。 

フェーズごとの内訳を以下の表で確認してください。 

時期	フェーズ	主な内容
1年目前半 4〜9月	構想・関係構築	産地への相談、試験取引開始、ニーズのすり合わせ
1年目後半 10〜12月	計画策定・県要望準備	食料システム構築計画の素案（たたき台）作成、県との事前協議
2年目前半 1〜6月	県審査・国審査・採択	県による取りまとめ→国へ要望→国審査→採択通知
2年目後半 7月〜	設計・建設開始	施設・設備の設計着手、建設工事開始
3年目	建設完了・稼働開始	竣工・検査・実績報告・補助金交付

もっと早く進める方法はありますか？

補正予算（当初予算とは別に年度途中で追加される予算）を活用する方法があります。 

補正予算は通常の当初予算より短いスケジュールで進められる場合があります。ただし、「準備ができている案件」が優先されるため、事前に計画の素案を持っておく必要があります。  

途中で計画を変更することは可能ですか？

採択後の計画変更は、県・国との協議が必要です。 

軽微な変更（仕様の微調整等）は比較的スムーズですが、事業費の大幅な増減や施設内容の変更は再審査が必要になる場合があります。計画段階で十分に詰めておくことが重要です。 

期間の見通しがつかめたところで、次は「採択率」について整理します。どうすれば採択の可能性を高められるのか、確認していきましょう。 

5. 【採択率】どれくらいの確率で採択されるのか 

採択率はどれくらいですか？

公式な採択率は公表されていませんが、「県段階で要望に至った案件」の国での採択率は比較的高い（7〜8割程度）と言われています。 

ただし、県段階で要望に至らない（優先順位が低い、準備不足等）案件も多いため、実質的な採択率はもっと低くなります。  

採択されやすい案件の特徴は？

以下の要素が揃っていると採択されやすいです。詳しくは第5回で解説していますが、ポイントを確認しておきましょう。 

① 実需との連携が明確　② KPI（目標指標）が数値化されている　③ 政策との整合性がある 

④ 産地全体への波及効果がある　⑤ 事業の実現可能性が高い　⑥ 県の優先順位が高い 

一度落選したら、再チャレンジはできますか？ 

できます。 

落選理由を分析し、計画をブラッシュアップして翌年度に再申請するケースは珍しくありません。 

県からフィードバックをもらい、弱点を補強して再チャレンジすることで採択に至った事例も多いです。 

採択率を上げるうえで「専門家を使うべきか」という判断も重要です。次のセクションで、専門家に頼むメリットと選び方を整理します。  

6. 【専門家】専門家に頼むメリットは何か

自社で申請することは可能ですか？

可能です。 

制度上、専門家を通さなければならないルールはありません。 

社内に補助金申請の経験者がいる場合や、県との関係が既に構築されている場合は、自社で申請作業を進めることもできます。 

専門家に頼むメリットは何ですか？

主に3つのメリットがあります。 

① 採択率の向上：計画設計のノウハウ、書類作成のポイントを熟知しているため 

② 工数の削減：担当者の負担を大幅に軽減できる 

③ リスクの低減：見落としや手続きミスを防げる 

特に農水省系の補助金は「県との調整」が重要なため、県とのパイプを持つ専門家は大きなアドバンテージになります。 

どんな専門家を選べばいいですか？ 

「農水省系の補助金実績」があるかどうかが最も重要です。 

経産省系（ものづくり補助金等）の実績が多くても、農水省系は制度・審査のポイントが異なるため、経験がないと対応が難しい場合があります。また、食品業界の知見があるかどうかも重要です。  

最後に、よく寄せられるその他の疑問をまとめてお答えします。 

7. 【その他】その他よくある質問 

補助金を受けた施設には、何か制約がありますか？ 

あります。 

補助金で整備した施設は、一定期間（通常10年程度）は補助目的に沿った用途で使用する義務があります。 

目的外使用や処分（売却等）には国・県の承認が必要で、場合によっては補助金の返還を求められることがあります。 

毎年申請できますか？（複数年にわたる投資計画の場合） 

複数年度にわたる事業計画を立てることは可能です。 

ただし、予算は単年度ごとに配分されるため、毎年度の採択が必要になります。大規模なプロジェクトの場合は、県と事前に相談し、複数年度の計画として認識してもらうことが重要です。 

他の補助金と併用できますか？ 

同一の設備に対する二重受給は不可ですが、「別々の設備」であれば併用可能です。 

第7回で解説したように、農水省系（産地の施設）と経産省系（自社工場の設備）を組み合わせることで、サプライチェーン（調達から製造・出荷までの流れ）全体の投資を効率的に進められます。

補助金がなくても投資すべきでしょうか？ 

補助金は「やりたいことを後押しする手段」であって「目的」ではありません。 

国産原料の安定調達、産地との長期パートナーシップといった本来の目的があり、その手段として補助金を活用する——この順序が重要です。補助金がなくてもやる価値がある投資かどうかを、まず考えてみてください。 

まとめ：よくある質問への回答一覧 

ここまでの回答を、以下の表にまとめました。 

テーマ	回答
規模	中小〜大企業まで、規模による制限なし。「連携の質」で評価される
関係性	JAとの関係がなくても、県経由で産地を紹介してもらえる。ゼロからの関係構築が可能
費用	自社申請なら直接費用はほぼゼロ。専門家依頼は高額（数百万〜）だが、補助額が数億円規模になれば費用対効果（ROI）は十分ペイする
期間	申請から稼働まで2〜3年が標準。補正予算を活用すれば短縮できる場合も
採択率	県要望に至れば7〜8割。計画の「設計」と「県との事前調整」が勝負
専門家	農水省系の実績と食品業界の知見がある専門家を選ぶ（ただし対応できる専門家は少ない）採択率向上・工数削減・リスク低減が主なメリット