【補助金リスク管理 第1回】食品メーカーが知るべき補助金の「終わり方」｜来年も同じ制度があると思ったら大間違い

実は、補助金の世界では「来年も同じ制度がある」と思っていると、痛い目にあいます。 

気づいたら名前が変わっていたり、使うための条件が厳しくなっていたり、もらえる割合（補助率）が下がっていたり。「そろそろ申し込もう」と思ったときには、もう使えなくなっていた……。というケースが本当によくあるんです。 

この記事では、食品メーカーのみなさんに知っておいてほしい「補助金の終わり方」と「今すぐ動いたほうがいい理由」を、実際にあったお話を交えながらお伝えします。 

1. ある水産加工会社の失敗談 

令和4年のお話です。ある水産加工会社が「食品原材料調達リスク軽減対策事業」という補助金を使おうと考えていました。輸入原料がどんどん高くなる中で、国産の原料に切り替えて、冷凍設備も新しく入れたい。そんな計画でした。投資額の半分を国が出してくれて、最大5億円までもらえる。とてもありがたい条件です。 

ところが、社内で話を進めるのに時間がかかってしまい、「来年度に申し込もう」と後回しに。 

そして翌年、令和5年度。同じ名前の補助金を探しても、もうどこにもありませんでした。 

補助金は「産地連携推進緊急対策事業」という別の名前に姿を変え、使うための条件もガラッと変わっていたんです。最初に計画していた設備は対象から外れてしまい、結局、補助金なしで自腹で投資することに……。 

「来年も同じ補助金があるはず」　その思い込みが、補助金の世界では命取りです。 

では、どうしてこんなことが起きるのでしょうか？背景には、補助金そのものの仕組みがあります。 

2. なぜ補助金は「消える」のか 

補助金は、国の予算から出ているお金です。国の予算は毎年つくり直されるので、補助金の中身も毎年見直されます。つまり、もともと「ずっと同じ形で続く」ようにはできていないんです。 

正しく言うと、補助金は「消える」というより「姿を変える」と言ったほうが近いかもしれません。名前が変わる。使うための条件が変わる。もらえる割合が下がる。使える業種が絞られる。そして気づいたら、自社の計画では使えなくなっている…これが補助金の世界の現実です。 

食品業界向け補助金 — この3年で何が変わったか 

実際に、ここ3年でどう変わってきたのか、以下の表に整理しました。 

時期	制度名	主な内容	現在の状況
令和4年度	食品原材料調達リスク軽減対策事業	国産切替・設備導入　補助率1/2	終了→再編
令和5〜6年度	産地連携推進緊急対策事業	産地との連携体構築が必須に	要件厳格化
令和7年度	持続的な食料システム確立緊急対策事業	環境配慮・国産化を重視	新設（公募中）
令和７年度 補正	食品産業省力化投資促進緊急対策事業	AI・ロボット導入　補助率1/2	「緊急」＝期間限定

特に気をつけたいのが、名前に「緊急」とつく補助金です。これは景気対策や物価高対策として、年度の途中に追加された予算でつくられたもの。国の関心が別のところに移れば、真っ先に減らされたり、終わったりする可能性があります。 

ここまでは「補助金が変わっていく」というお話でした。次は、そもそも食品メーカーが使える補助金には、どんなものがあるのかを見ていきましょう。 

3. 食品メーカーが使える補助金は2種類 

食品メーカー向けの補助金には、いろいろな種類がありますが、出どころをたどると、ほとんどが以下の2つの省庁にいきつきます。それぞれにクセがあるので、特徴を知っておくと「来年どうなりそうか」が読みやすくなります。 

2つの省庁、2つの考え方 

農林水産省（農水省）と経済産業省（経産省）の違いを、以下の表で見比べてみましょう。 

農林水産省	経済産業省
【キーワード】 国産化・産地連携・食料安全保障	【キーワード】 IT・省力化・賃上げ
【狙い】 輸入依存からの脱却 国内農業・食品産業の強化	【狙い】 中小企業の生産性向上 人手不足対策と給与引き上げ
【歴史】 1900年〜（120年以上の実績） 補助金DNAが組み込まれた省庁	【歴史】 2013年〜本格化（約10年） 2019年以降に予算急拡大
【申請のポイント】 産地との連携体構築が有利 国産原料使用の計画が評価される	【申請のポイント】 賃上げ計画が補助率アップ条件 IT・DX投資との相性が良い

農林水産省 — 「食料安全保障」がいちばんの関心事 

農水省は1900年から、もう120年以上にわたって補助金で農業や食品の政策を動かしてきた、いわば「補助金のベテラン」です。今いちばん力を入れているのが「食料安全保障」と「国産原料を増やすこと」。 

輸入に頼ることのリスクが、最近あらためてはっきりしました。だから、国産の原料を使う食品メーカーへの応援は、しばらく続くはずです。ただし、応援の「中身」は毎年変わります。 

では具体的に、農水省はどんな取り組みを応援してくれているのでしょうか。代表的な支援テーマを並べてみました。 

▶ 食品メーカー向けの主な支援テーマ

国産原料への切り替え支援 産地との連携体構築 食品製造の省力化・自動化 輸出向け製造ライン整備

経済産業省 — 「賃上げ」とセットになっているのが特徴 

経産省の中小企業向け補助金は2013年に始まり、2019年からは大幅に予算が増えました。今は年間3,400億円という大きな規模で続いています。特徴は「賃上げ」とセットになっていること。「従業員のお給料を上げます」と計画書に書くと、もらえる割合が増えたり、審査で有利になったりするケースが増えています。 

経産省には、食品メーカーが使いやすい補助金がいくつもあります。代表的なものをご紹介します。 

▶ 食品メーカーが使いやすい制度

ものづくり補助金（上限4,000万円）※  中小企業省力化投資補助金（最大１億円） 中小企業新事業進出補助金（最大9,000万円） 中堅・中小成長投資補助金(上限50億円)

※（令和8年度より『新事業進出・ものづくり補助金』に統合予定） 

ここまでで、食品メーカーが使える補助金の全体像が見えてきました。ただ、こういった補助金を「いつか申し込もう」と思っていると、痛い目にあいます。なぜなのか、3つの理由に分けてお伝えします。 

4. 「そのうち申し込もう」が危ない3つの理由 

理由1：使うための条件は、毎年厳しくなっていく 

補助金は、最初の年は「たくさんの会社に使ってもらおう」というスタンスでスタートします。でも年を重ねるごとに、使うための条件がだんだん絞られていきます。たとえば産地連携推進事業では、「地元の農家さんとチームを組むこと」が必須になりました。年々ハードルは上がっていく、と思っておくのが正解です。 

理由2：もらえる割合は、下がっていく方向 

制度がスタートした年は「投資額の半分（2分の1）を国が出してくれる」だったのに、数年後には「3分の1」に減っている、ということもよくあります。同じ計画でも、申し込むタイミングで手元に残る金額が大きく変わってしまうんです。 

たとえば1億円の設備投資をする場合、もらえる金額がどれくらい変わるか見てみましょう。 

理由3：「緊急対策」は、本当にすぐ終わる 

名前に「緊急」とつく補助金は、物価高や供給不安への一時的な対応です。国が「次はこっちが大事」と方針を変えたら、優先順位はすぐに下がります。「来年度も同じ規模で続くだろう」という保証は、どこにもありません。 

3つの理由を見てきました。では、私たちはどう動けばよいのでしょうか？ 

5. まとめ：投資の計画があるなら、今すぐ動こう 

結論からお伝えすると、補助金そのものはこれからも続いていきます。特に「食料安全保障」を掲げる農水省は、食品メーカーを応援する理由がしっかりあるので、ずっと支援は続くはずです。ただし、今ある補助金が、来年も同じ形であるかどうかは、誰にもわかりません。 

設備投資の計画があるなら、「今ある補助金のうちに、申し込む」。 

これが、補助金をうまく使うたった一つの方法です。 

「では、いつ動けばいいの？」と気になりますよね。これから1年の補助金の動きを、カレンダーにまとめました。