食品輸出の補助金講座【第1回】食品輸出の補助金まとめ2026｜施設整備から販路・認証・税制まで目的別に解説 

農林水産物・食品の輸出を支える国の支援策は、農林水産省が公表している「農林水産物・食品輸出支援策ガイドブック」（令和8年4月版。農林水産省・経済産業省・中小企業庁・国税庁・JETRO（日本貿易振興機構）・中小機構（中小企業基盤整備機構）などの施策を一冊にまとめたもの）に載っているものだけで、70以上あります。多すぎて選べない——これが現場の正直な感想ではないでしょうか。 

でも、安心してください。この70以上の施策は、「何をしたいか」で分けると、たった6つの目的に整理できます。この記事では、①まず6つの目的マップで全体をつかみ、②目的ごとに代表的な制度を金額つきで比較し、③最後に、多くの制度に共通する”背骨”（輸出事業計画の認定とGFP登録）と進め方をお伝えします。読み終わる頃には、「自社はどの枠から動けばいいか」が見えているはずです。 

それでは、6つの目的マップから見ていきます。 

1. まず全体像：輸出の補助金は「6つの目的」で探す 

1-1. 制度名ではなく「やりたいこと」から探す 

制度名から探すと、まず迷子になります。名前が長いうえに、似た言葉が並ぶからです。そこで、探し方を逆にしましょう。「自社は何をしたいのか」。そこから入れば、見るべき制度はぐっと絞れます。 

やりたいことと、そこで候補になる代表的な制度を、以下の表で対応させました。 

やりたいこと	代表的な制度（規模感）
①輸出向けの工場・施設を建てる	HACCP等対応施設整備（上限6億円）／食肉施設再編（予算166.6億円の内数）／産地パワーアップ事業・新市場獲得対策（整備上限20億円）
②産地・流通の体制をつくる	GFP大規模輸出産地（定額・上限5,000万〜1億円）／畜産物輸出コンソーシアム（予算14億円）
③海外の販路を広げる	サプライチェーン連結強化（1/2〜2/3・下限3,000万円）／加工食品クラスター（定額500万円）／重要市場対策（上限1,000万円）
④規制・認証をクリアする	輸出先国規制対応（FSSC22000等・1/2）／有機JAS・GAP（1/2）／水産エコラベル（定額150万円）
⑤ブランド・知財を守る	外国出願補助（1/2・30万〜150万円/件）／模倣品対策（2/3・400万円）等
⑥お金・税金の負担を軽くする	輸出促進税制（割増償却30〜35%）／輸出基盤強化資金（融資80%）／利子助成（借入金の利息の一部を国が負担。最大2%）

この6つに入る前に、どの目的を選んでも避けて通れない共通ルールを押さえておきましょう。 

1-2. 先に知っておきたい”背骨”：輸出事業計画とGFP 

その共通ルールとは、輸出系の補助金の多くが「輸出事業計画の認定」（輸出促進法にもとづき、輸出の目標と計画を国に認定してもらう仕組み。認定を受けた事業者を認定輸出事業者と呼びます）や「GFP登録」（農林水産物・食品輸出プロジェクト。農林水産省の輸出コミュニティで、登録は無料）を要件にしている、ということです。 

施設整備のHACCP事業も、食肉施設の再編も、税制も融資も、入口はこの認定です。つまり、個別の補助金を探す前に「輸出事業計画の認定を取りにいく」こと。これが、輸出補助金を攻略するときの背骨になります。 

🔑 輸出事業計画の認定とGFP登録は、いわば輸出補助金の”共通パスポート”です。GFP登録は公式に無料と明記されており、輸出事業計画の認定にも申請手数料の規定はありません。何をするにも、まずはここから。検討段階で早めに動いて損はありません。 

共通パスポートを押さえたところで、いちばん金額の大きい「施設」の枠から見ていきましょう。 

2. 施設を建てる：最大6億〜20億円の大型枠 

2-1. 輸出向けHACCP等対応施設整備（上限6億円・1/2） 

輸出先の国が求める規制（食品衛生、ハラル・コーシャ等）に対応するための、施設の新設・改修や機器の整備を支援する事業です。名前にあるHACCP（食品の安全を守るための国際的な衛生管理の手法）への対応が軸になります。

令和7年度補正で予算60億円・上限6億円（令和8年度当初は上限1億円）、交付率（補助率と同じで、国が出す割合のこと）は1/2以内。主な要件は4つ。認定・認証の取得など輸出先国が求める規制対応を行うこと、事業完了後5年以内に輸出額を2千万円以上増やし、かつ投資効率2.0以上（かけた事業費に対して、見込まれる効果額が2倍以上になること）とすること、金融機関から対象事業費の10%以上の融資を受けること、そして輸出事業計画の認定を受けていることです。 

→くわしくは関連記事：「HACCPハード事業とは？補助率1/2で輸出向け工場整備ができる補助金を解説」（HACCPハード事業シリーズ・全10回） 

2-2. 食肉処理施設の再編・輸出拡大（予算166.6億円の内数・1/2〜2/3） 

畜産農家・食肉処理施設・流通事業者がコンソーシアム（複数の事業者が組んでつくる共同体）を組み、食肉処理施設の再編や輸出向け施設の整備を行う大型枠です。令和7年度補正の予算規模は166.6億円の内数（この予算枠の中から配分されるという意味）、交付率は1/2以内（特例で2/3）。処理能力おおむね700頭/日以上という大規模な要件と、輸出事業計画の認定が前提になります。1件あたりの上限額はガイドブックに示されておらず、予算規模から見ても輸出補助金の中で最大級の施設枠です。 

→関連記事：「食肉・畜産加工メーカーが使える補助金まとめ｜HACCPハード・強い農業づくり・施設整備の制度別活用法」 

2-3. 産地パワーアップ事業・新市場獲得対策（整備上限20億円） 

輸出向けや加工・業務用の拠点を整備するなら、産地生産基盤パワーアップ事業の新市場獲得対策（1計画当たり単年度で、推進事業は上限5,000万円、整備事業は上限20億円。補助率は定額・1/2以内等）も選択肢になります。こちらは、食料システム構築計画（産地と輸出事業者などの買い手が協働して取り組む計画）の承認を受けていることが要件です。 

→制度の全体像は関連記事：「産地生産基盤パワーアップ事業とは？補助率1/2・最大20億の大型補助を完全解説」。また、輸出向けの施設整備では「農産物等輸出拡大施設整備事業とは？食品メーカーも使える最大20億円の輸出補助金を解説」（全3回シリーズ）もあわせてどうぞ。 

🔑 施設系はどれも「輸出額の増加」を成果目標として約束する制度です。建てること自体が目的ではなく、輸出の売上計画から逆算して規模を決める——この順番が採択の分かれ目になります。 

施設という「箱」の次は、その箱を活かす産地・流通の体制づくりに使える枠を見ていきます。 

3. 産地・流通の体制をつくる：定額（自己負担を抑えられる）の枠も 

3-1. GFP大規模輸出産地づくり（定額・最大1億円） 

海外の規制やニーズに合わせて生産を切り替えたり、集荷・流通のかたちを変えたりする取組を、産地ぐるみで進める事業です。正式名称は「GFP大規模輸出産地生産基盤強化プロジェクト」（令和8年度当初は「大規模輸出産地モデル形成等支援事業」）です。注目したいのは、補助率が「定額」であること。1/2などの割合ではなく、決められた上限額まで交付される方式です。令和7年度補正で上限5,000万円（フラッグシップ輸出産地〈国が重点的に支援する産地として選ばれた地域〉は1億円）、令和8年度当初は上限2,000万円（同3,500万円または4,500万円）です。自己負担を抑えながら産地の輸出転換を進められる、珍しいタイプの枠といえます。GFPコミュニティサイトへの登録と輸出事業計画が要件です。 

→GFPの基本はこちら：「【初心者向け】食品輸出の始め方｜無料で使える農水省の支援制度「GFP」とは」 

3-2. 品目別の連携枠（畜産・青果・水産） 

品目ごとの連携枠もあります。畜産物輸出コンソーシアム推進対策（予算14億円・定額/1/2）は、畜産農家×食肉処理施設×輸出事業者のコンソーシアムによる商談・プロモーション・規制対応を支援するものです。青果物輸出産地体制強化（定額・機器等のリースは1/2）、水産物輸出加速化連携（定額・1/2）も同じ型。個社単独ではなく「誰と組むか」で使う枠だと覚えてください。 

体制が整ったら、次は売り先です。海外の販路を広げる枠に移ります。 

4. 海外の販路を広げる：500万円から3,000万円超まで 

4-1. 主な制度を金額で見くらべる 

販路づくりの支援は小粒だと思われがちですが、実際には、事業規模が3,000万円以上でなければ申請できない（＝下限3,000万円）という大型枠もあります。 

主な5つの制度を、以下の表で見くらべてみましょう。 

制度	補助額・率と使いどころ
サプライチェーン連結強化	補助率1/2〜2/3・下限3,000万円。国内生産者×海外販売事業者×商社のコンソーシアムで、生産から現地販売まで一気通貫の商流をつくる本格枠
加工食品輸出先国多角化	定額・上限500万円。食品製造3社以上の「クラスター」（同じ目的で集まった企業グループ）で輸出先を広げる
重要市場の商流維持・拡大	定額（機器・認証は1/2）・上限1,000万円/案件。認定品目団体（牛肉や日本酒など、品目ごとに国が認定した業界団体）の会員向け。プロモーション・商談会・高付加価値化
海外展開の投資可能性調査	1/2。海外での大型冷蔵・冷凍倉庫や食品加工施設、外食FC展開などの投資FS（事業性調査）
酒類業振興支援	海外展開支援枠50万〜1,000万円・1/2（グループ申請は最大1,500万円）。小規模事業者2/3の上乗せは新市場開拓支援枠（50万〜500万円）のみ

4-2. まずは無料の支援で計画をみがく 

このほか、JETROの輸出相談窓口・海外コーディネーター相談や、中小機構の専門家支援・海外テストマーケティングは無料で使えます。お金をもらう前に、まず無料の支援で計画の精度を上げる。これが賢い順番です。 

→展示会・海外プロモーションの費用は関連記事：「【2026年輸出】展示会費用はどこから出す？「JETRO・自治体・農水省」＋「インバウンド」規模で選ぶ4つの支援策」 

ここまでは金額の大きい枠を見てきました。次は、金額は小さくても輸出の壁を直接壊してくれる枠です。 

5. 規制・認証・知財：数十万〜数百万円だが「刺さる」枠 

5-1. 認証取得とブランド・知財を支える制度 

金額は小さめでも、輸出の壁を直接壊してくれるのがこのゾーンです。大きく、認証の取得を支える制度と、ブランド・知財（知的財産。商標や特許など）を守る制度に分かれます。 

代表的な制度を、以下の表に整理しました。 

区分	制度	補助率・上限額
認証取得	輸出先国規制対応支援	FSSC22000（食品安全の国際規格）等の国際認証取得費・1/2以内または定額。GFP登録が要件
認証取得	有機JAS・GAP（農業生産工程管理）認証取得支援	認証・機械リースは1/2、商談・商品開発は定額
認証取得	水産エコラベル（持続可能な漁業・養殖であることを示す認証）	定額・上限150万円（漁業・養殖。CoC認証〈流通・加工段階の認証〉は100万円）
ブランド・知財	INPIT（工業所有権情報・研修館）外国出願補助金	1/2・1出願あたり30万〜150万円
ブランド・知財	海外出願支援	1/2・1企業あたり300万円
ブランド・知財	模倣品対策	2/3・400万円
ブランド・知財	抜け駆け商標対策（先に商標を取られた場合の取消）・防衛型侵害対策（海外で権利侵害を指摘された場合の対応）	各2/3・500万円

5-2. 大型枠と組み合わせる”部品”として押さえる 

単体では小粒ですが、「認証が取れた」「商標を守れた」ことが、施設投資や販路開拓の前提条件になることは珍しくありません。ここまで見てきた大型枠と組み合わせる”部品”として押さえておきましょう。 

制度を一通り見たところで、補助金以外にも効いてくる「お金の話」を確認します。 

6. お金・税金の負担を軽くする：税制・融資・利子助成 

6-1. 補助金ではないが効く「お金の3点セット」 

最後は、補助金ではないけれど効果の大きい「お金の3点セット」です。税金・融資・金利という3つの方向から、投資の負担を軽くします。 

3つの中身を、以下の表にまとめました。 

制度	内容
輸出促進税制（割増償却）	認定輸出事業者が輸出事業用の機械・建物を取得すると、機械装置30%・建物35%の割増償却（通常の減価償却に上乗せして経費に計上できる仕組み）を5年間。設備投資後のキャッシュフローを改善。※HACCP等対応施設整備事業の対象資産、輸出促進を目的とした国の補助金等を受けた資産は対象外
農林水産物・食品輸出基盤強化資金	日本政策金融公庫の融資。負担額の80%以内・25年以内（うち据置3年以内＝最初の3年は元金の返済を待ってもらえる）。輸出事業計画の認定が前提
海外サプライチェーン構築の利子助成	上記の資金で海外の施設整備等を行う場合、金利負担を最大2%軽減（最長5年・1件上限5億円）

大型の施設投資では、補助金だけでなく、この3点セットを使えるかどうかで実質的な負担が大きく変わります。ただし割増償却は、HACCP等対応施設整備事業の対象となる資産や、輸出促進を目的とした国の補助金等を受けた資産には使えません。同じ設備に補助金と税制を重ねることはできないため、どの設備を補助金で、どの設備を税制で賄うかを切り分けて考える必要があります。ここは次回、じっくり深掘りします。 

→融資との組み合わせ方は関連記事：「補助金採択前に融資を受けるべきか｜農林漁業セーフティネット資金・日本政策金融公庫の使い分けと申請タイミング」 

ここまでが制度の全体像です。最後に、実際の動き方を整理します。 

7. 進め方：3ステップで整理する 

7-1. 無料の”共通パスポート”から動く 

動き方は、次の3ステップで考えます。第一歩は、無料で始められる共通パスポートからです。 

7-2. 金額と時期は、必ず最新情報で確かめる 

補助金の多くは年度予算・補正予算で動くため、公募の時期や金額は毎年変わります。この記事の金額は令和8年4月版の政府ガイドブックと各府省の公表資料にもとづいていますが、申請前には必ず最新の公募要領でご確認ください。どの制度をどう組み合わせるかの設計は、輸出の売上計画・投資規模・組む相手によって変わります。迷ったら、計画の段階からご相談ください。 

ここまでの全体像を、1枚の図にまとめました。 

まとめ 

輸出の支援策は数が多く、制度名から入ると迷います。だからこそ、「何をしたいか」という目的から地図をたどるのが近道です。 

最後に、この記事の要点を4つに整理します。