【2026年版】食品工場の設備投資 〜冷凍機・冷凍冷蔵設備の補助金一覧〜 省エネ補助金で最大1億円｜R22規制前に動くべき理由  

そんな食品工場の設備ご担当者・経営者の方に向けて、冷凍機・冷凍冷蔵設備を更新するときに使える補助金を、わかりやすく比べてご紹介します。 

❄️第1章：冷凍機・冷蔵設備の更新に使える補助金とは【2026年】 

冷凍冷蔵設備の入れ替えを考えているなら、今がまさに検討のタイミングです。その理由を、大きく3つに整理してご紹介します。 

🔴 理由① R22冷媒の規制が年々厳しくなっている
R22（HCFC-22。HCFC＝オゾン層を壊すフロンの一種）冷媒は2020年に作るのも輸入するのも終了しています。在庫は減り続けており、故障したときの修理が難しくなってきています。

🟡 理由② 電気代の上昇が続いているから
最新の高効率の冷凍機に入れ替えれば、電気代を20〜40%ほど減らせるケースもあります。補助金で最初の負担を抑えれば、投資した分を取り戻すまでの期間も大きく短縮できます。

🟢 理由③ 脱炭素やESG対応のため
自然冷媒に切り替えると、取引先にも「環境にきちんと取り組んでいる会社」とアピールできます。ESG（環境・社会・ガバナンスに配慮した経営姿勢）が重視される今、補助金を使えば脱炭素への投資のハードルも下がります。

📦 補助金の対象になる冷凍冷蔵設備 

補助金の対象になる主な冷凍冷蔵設備は次のとおりです。 

ここまでが、冷凍機・冷蔵設備の更新に使える補助金のおおまかな全体像です。次は「なぜ今、R22冷凍機を急いで更新しないといけないのか」を、規制スケジュールに沿って見ていきましょう。 

🚨第2章：【緊急】R22冷凍機の更新が今すぐ必要な理由｜規制のスケジュール 

📅 R22冷媒の規制スケジュール（年表） 

2020年	R22冷媒（HCFC）の生産・輸入がすべて終了	【済】
2020年以降	R22冷媒は在庫流通のみ（価格高騰）	【済】
2025年以降	R22の在庫の枯渇が本格化し、修理が難しくなる	【進行中】
2026年以降	R22の機器が壊れたら、別の冷媒に切り替えるか機器ごと入れ替えが必須に	【目前】
2029年	キガリ改正（フロン削減を国際的に取り決めた条約改正：日本は2018年に締結）で、HFC（R410Aなど＝オゾン層は壊さないが地球温暖化を強めるフロン）も2029年に基準値の30%、2036年には15%まで削減	【予定】

🔄 R22の機器を使っている場合の選択肢 

R22冷凍機をお使いの場合、更新のしかたは大きく2つに分かれます。 

選択肢① 省エネ補助金を使って、高効率のHFC系機器に更新
補助率は3分の1〜2分の1、申請の手続きがシンプルで取り組みやすいのが特徴です。

選択肢② 脱フロン補助金を使って、自然冷媒の機器に更新（CO2・アンモニアなど）
補助率は原則3分の1（先進的な中小企業で採択審査上位20%以内なら2分の1）。将来くるHFC規制も見据えた、長い目で見ての選択肢になります。

📢 【重要】令和7年度補正予算（2026年度実施）の政策の動き 

国の動きとして、ぜひ押さえておきたい大事なポイントを以下にまとめました。 

省エネ補助金は3次公募を実施中（2026年9月28日締切）
令和7年度補正予算による「省エネ・非化石転換補助金」は、2026年度に1次から3次までの公募を実施しています。3次公募は2026年8月20日に始まり、締切は2026年9月28日17時必着です（申請書類は配送状況が確認できる郵送のみで、持参は不可）。 補助金を使いたいと考えているなら、まずはこの3次公募に間に合わせる前提でスケジュールを組むのが安全です。

▶ 5つのタイプで実施されています
「工場・事業場型（Ⅰ型）」「電化・脱炭素燃転型（Ⅱ型）」「設備単位型（Ⅲ型）」「GX設備単位型（Ⅲ型）」「エネルギー需要最適化型（Ⅳ型）」の5区分で実施されています。GX設備単位型（メーカー強化枠・トップ性能枠）は3次公募で新しく設けられた枠です。

▶ GX（脱炭素・電化）の色合いが強くなる
省エネだけでなく、電化や燃料の切り替え（脱炭素）も重視した設計になっていきます。GX（グリーントランスフォーメーション＝脱炭素に向けた経済社会の転換のこと）の流れを受けて、自然冷媒への切替も評価されやすい方向です。

▶ 補助率と上限（3次公募時点）
工場・事業場型の補助率は、先進枠が中小2/3・大企業1/2、一般枠が中小1/2・大企業1/3です（一般枠は投資回収年数が7年未満だと中小1/3・大企業1/4に下がります）。補助上限は単年度事業で15億円、非化石燃料設備を導入する場合は20億円です。

📊第3章：【比較表】冷凍機の更新に使える補助金5つ 

冷凍機・冷凍冷蔵設備の更新に使える主な補助金を比較します。投資の目的によってベストな補助金は変わってくるので、5つの補助金を1つの表にまとめて比べてみましょう。 

補助金	補助率	上限額	対象になる経費	申請のむずかしさ	おすすめ度	こんなときにおすすめ
省エネ補助金（設備単位型・従来枠）	3分の1	最大1億円	設備の費用のみ	★★☆☆☆	★★★★★	冷凍機をそのまま入れ替え
省エネ補助金（工場全体型）	中小：2分の1/大企業：3分の1	最大15億円（非化石燃料設備の導入時は20億円）	設備の費用＋工事費	★★★☆☆	★★★★☆	冷凍機と空調をまとめて更新
脱フロン補助金（環境省／冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業）	原則3分の1（条件付きで2分の1）	最大5億円	自然冷媒の機器	★★★☆☆	★★★★☆	R22から自然冷媒に切り替え
ものづくり補助金（第23次で単独公募は終了）	中小：2分の1/小規模：3分の2	最大2,500万円（賃上げ特例で3,500万円）	機械装置	★★★★☆	★★★☆☆	急速冷凍機で新商品を開発
新事業進出補助金（第4回で単独公募は終了）	2分の1（地域別最低賃金引上げ特例で3分の2）	最大7,000万円（賃上げ特例で9,000万円）	建物＋設備＋広告まで	★★★★★	★★★☆☆	新しい冷凍工場を建設

※補助率と上限額は2026年9月時点の情報です。公募の回によって変わることがあるのでご注意ください。 

※ものづくり補助金と新事業進出補助金は「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金」に統合されました。統合後 第1回公募は2026年6月29日に開始し、申請受付は2026年9月30日、締切は2026年10月30日18時です。旧ものづくり補助金は【革新的新製品・サービス枠】（上限最大3,500万円・建物費は対象外）、旧新事業進出補助金は【新事業進出枠】（上限最大9,000万円・建物費が対象）に相当します。 

⚡第4章：省エネ補助金で冷凍機を更新するなら｜設備単位型と工場全体型のどちらを選ぶ？ 

省エネ補助金（令和7年度補正予算での通称は「省エネ・非化石転換補助金」。このうち設備単位型の従来枠が、正式名称を「省エネルギー投資促進支援事業費補助金」といいます）にはいくつかの枠が用意されていて、「冷凍機だけ更新する」のか「工場全体をまとめて更新する」のかで、選ぶべき枠が変わってきます。 

枠の種類	補助率	上限	対象になる経費	特徴
設備単位型 （Ⅲ型・従来枠）	3分の1	1億円	設備の費用のみ	申請がシンプル/冷凍機だけ更新する人向き
エネルギー需要最適化型（Ⅳ型）	中小：2分の1/大企業：3分の1	1億円	設計費＋設備費  ＋工事費	EMS（エネルギー管理システム）や制御も対象/工場全体を最適化
工場・事業場型 （Ⅰ型）	先進枠 中小2/3・大企業1/2 / 一般枠 中小1/2・大企業1/3	15億円（非化石燃料設備の導入時は20億円）	設備費＋工事費 （中小のみ）	大規模な更新向き/建物の改修まで対象

🤔 どの枠を選べばいい？ 

▶ 冷凍機だけ更新したい場合　→　設備単位型（Ⅲ型）
申請がシンプルで、SIIに登録されている設備の中から選ぶだけ。補助率は3分の1ですが、手続きの負担が小さいのが大きなメリットです。

▶ 冷凍機＋空調＋照明をまとめて更新したい場合　→　工場全体型（Ⅰ型）
中小企業なら一般枠で補助率2分の1、先進枠なら3分の2まで上がります。投資する規模が大きくなるほど、有利になる枠です。

💰 補助金がいくらもらえるかの計算例 

下に3パターンの計算例を並べてみました。自社の規模に近いケースを参考にしてみてください。 

ケース	補助率	補助金額	自己負担額
例1：設備単位型（冷凍機1億円）	3分の1	約3,333万円	約6,667万円
例2：工場全体型・中小（冷凍機＋空調1億円）	2分の1	5,000万円	5,000万円
例3：工場全体型・中小（大規模改修3億円）	2分の1	1.5億円	1.5億円

🧮第5章：省エネ量の計算のしかた｜省エネ率10%の基準をクリアするコツ 

省エネ補助金を申請するには、省エネの効果について決められた基準を満たす必要があります。この基準は「省エネ率」「省エネ量」「エネルギー消費原単位改善率」のうち、いずれか1つを満たせばよいという形（択一）になっていて、枠によって水準が変わります。設備単位型なら「省エネ率10%以上」「省エネ量1kL以上」「経費当たり省エネ量1kL/千万円以上」のどれか1つです。ここでは計算の基本的な考え方と、その条件をクリアするためのコツを整理していきます。 

⚖️ 指定計算と独自計算、どちらでいく？ 

省エネ量の出し方には、SII（環境共創イニシアチブ＝省エネ補助金の事務局団体）が用意してくれている「指定計算」と、自社で根拠を組み立てる「独自計算」の2つがあります。それぞれの違いを下の表に整理しました。 

指定計算（おすすめ）	独自計算（上級者向け）
SIIポータルの自動計算機能を使う 登録設備のリストから機種を選ぶだけ 審査が早く、指摘も少なめ 省エネ率がやや小さめに出ることも	自社で計算式や根拠を組み立てる 今使っている機器の実測データを使う 古い設備ほど、高い省エネ率が出やすい 根拠となる資料を揃えるのが大変

💡 「10%以上」の条件をクリアするためのコツ 

省エネ率10%以上という基準をクリアするには、次のような工夫が効いてきます。 

🔬 省エネ量のシミュレーション例 

実際に冷凍機を更新したらどのくらい省エネになるのか、具体的な計算例で見てみましょう。 

下の表で、今ある設備と更新後の設備の数字を並べて比べてみましょう。 

項目	今の設備（R22冷凍機）	更新後（高効率のインバータ機）
定格消費電力	15kW	10kW
1年間の稼働時間	8,760時間（24時間×365日）	8,760時間（同条件）
負荷率	70%	70%（同条件）
1年間の電力量	91,980kWh/年	61,320kWh/年
原油換算	23.1kL/年	15.4kL/年

✅ 計算結果
・省エネ量 ＝ 23.1 － 15.4 ＝ 7.7kL/年  ・省エネ率 ＝ 7.7 ÷ 23.1 × 100 ＝ 33.3%  → 10%以上という基準を余裕でクリア

このように、R22冷凍機から最新の高効率機に切り替えるパターンだと、省エネ率が30%以上になることも珍しくありません。10%という条件は、十分クリアできるレベルです。 

🗓️第6章：冷凍機更新の申請スケジュール｜準備から補助金の入金までの流れ 

🧭第7章：【簡易診断】冷凍機の更新でどの補助金を選べばいい？ 

「結局、うちはどの補助金を使えばいいの？」という疑問にお答えするフローチャートです。STARTから順にYES／NOで進めていけば、自社に合った制度が見えてきます。 

💬第8章：冷凍機更新の補助金についてよくある質問5つ 

ご相談のなかで特によくお寄せいただく質問を、5つに絞ってまとめました。 

Q1. R22冷媒の冷凍機でも補助金は使えますか？

はい、使えます。むしろR22の機器からの更新は「省エネの効果が大きい」と評価されやすく、補助金申請にはむしろ有利になることが多いです。自然冷媒に切り替える場合は、脱フロン補助金も検討できます。 

Q2. 省エネ補助金と脱フロン補助金は併用できますか？ 

同じ設備に対して二重取りはできません。「省エネを重視するのか」「脱フロンを重視するのか」によって、どちらを使うか選ぶ形になります。違う設備同士であれば、組み合わせて使うことも可能です。 

Q3. 申請から補助金が入金されるまで、どのくらいかかりますか？ 

申請から採択まで2〜3ヶ月、採択から交付決定まで1ヶ月、事業の実施から実績報告、入金まで6ヶ月〜1年。トータルで1年〜1年半くらいが一般的なイメージです。 

Q4. 交付決定の前に冷凍機を発注しても大丈夫ですか？ 

NGです。交付決定の前に発注や契約をしてしまうと、補助の対象から外れてしまいます。見積もりをもらうのは問題ありませんが、発注は必ず交付決定が出てから進めてください。 

Q5. 申請のサポートをお願いすることはできますか？ 

はい、当社では省エネ補助金の申請サポートを行っています。省エネ量の計算から申請書類の作成、SIIポータルへの入力まで、ひととおりサポートが可能です。 

📝まとめ：冷凍機の補助金は3次公募（2026年9月28日締切）が当面の勝負どころ 

冷凍機の更新は、「どの補助金を使うか」によって自己負担額が大きく変わってきます。投資の目的や規模に合った補助金を選ぶことが、設備投資を成功させる最初の一歩になります。 

この記事でお伝えしてきた内容を、最後に振り返っておきましょう。