【2027年度・令和9年度】食品工場の補助金はこう変わる〜農水省 概算要求で読む注目7制度の補助額予想〜補正から当初予算へ｜動くのは来年の春ではなく、この秋 

注目すべきは金額の大きさよりも、お金の「置き場所」が変わったことです。これまで年末の補正予算で出ていた食品企業向けの補助金が、当初予算の要求に載ってきました。産地連携は0.1億円から70.84億円へ、HACCPハード事業は1.23億円から61.28億円へ。数字だけ見れば何十倍もの増加ですが、これは新しくお金が湧いたわけではなく、補正で出ていた分が当初に移ってきたものです。ただし産地連携だけは、補正の49.00億円からの増額でもあります。 

本記事では、食品企業の設備投資に関わる注目7制度について、「1事業あたり、いくら出そうか」「どんな会社が使えそうか」の2点に絞って予測します。補助金採択額126.5億円、HACCPハード事業の採択率93%の実績をもとに、投資の規模感をつかむ目安としてお読みください。 

🔭 1. 【結論】2027年度の補助金は「補正から当初予算」へ動いた｜3つの変化 

今回の概算要求を読んで、食品企業の経営判断に効いてくる変化は3つです。 

3つの変化	何が変わったか	経営にとっての意味
① 補正予算から当初予算へ	HACCPハードは60.05億円→61.28億円でほぼ同額。産地連携は49.00億円→70.84億円	「前年度比◯倍」は当初予算どうしの比較。補正を含めた実額で見る
② 食料システム法が横串になった	産地連携支援は計画認定を要件化。ほかの制度でも優先採択やポイント加算	認定は2026年8月末で111計画。取るなら早いほうが有利
③ 経産省と農水省の分かれ道	経産省は「売上高10億円を目指す宣言」を原則要件化する方針	農水省は規模ではなく、国産原料・輸出・産地との連携を問う

変化① 補正予算で出ていた制度が、当初予算の要求に載った 

これまで食品企業向けの大型補助金は、年末の補正予算で措置されるのが通例でした。それが今回、当初予算の要求に移ってきています。 

背景にあるのは、令和8年7月30日の閣議了解です。令和9年度予算の概算要求にあたっての基本的な方針として、こう書かれています。 

この方針を受けて、産地連携とHACCPハード事業は、補正予算と同等以上の規模が当初予算の要求に載りました。HACCPハード事業は令和7年度補正60.05億円に対して要求61.28億円とほぼ同額、産地連携は補正49.00億円に対して70.84億円です。 

ここで大事なのは、「前年度比50倍」（HACCPハード事業）といった数字を鵜呑みにしないことです。増えて見えるのは比較の相手が当初予算だからで、補正を含めれば、HACCPハード事業は横ばい、産地連携は約1.4倍と見るのが正確です。 

変化② 食料システム法が、制度の横串になった 

今回の概算要求では、「食料システム法（計画認定制度）を通じた持続的な食料システム構築に向けた支援」という項目が立てられ、産地連携促進総合対策事業、強い農業づくり総合支援交付金、フードテック関連事業などが、この法律に基づく支援としてひとまとめに整理されました。 

食料システム法は2025年6月に成立した法律で、計画認定制度は2025年10月から動いています。農林水産大臣の認定を受けると、日本政策金融公庫の長期低利融資や税制特例に加えて、補助事業での優先採択や審査の加点が受けられます。 

概算要求の資料には、「計画認定制度の認定を要件化」「計画認定制度の認定を受けている場合、審査時にポイント加算」「優先採択や審査時のポイント加算等を措置予定」という表現が並んでいます。このうち産地連携支援は「認定を要件化」と整理され、強い農業づくりの食料システム構築支援タイプは、認定を受けていれば「食料システム構築計画」の策定が不要になる扱いです。制度によって扱いが違うため、どの制度で認定が必須になり、どの制度で加点にとどまるのかは、公募要領で確認が必要です。 

認定件数は、運用開始から2026年8月末までで111計画。国は2030年までに1,000件という目標を掲げています。裏を返せば、いま認定を取っている会社はまだ少ない、ということです。 

変化③ 経産省と農水省の分かれ道が、はっきりした 

経済産業省の令和9年度概算要求では、新事業進出・ものづくり商業サービス補助事業に2,200億円が計上され、「売上高10億円を目指す宣言を原則として要件化」という方針が明記されました。中小企業成長加速化補助金も「売上高100億円超を目指す中小企業の大胆な投資を支援」とされています。 

一方、農水省の7制度が問うのは、国産原料を増やせるか、輸出に対応できるか、産地や地域と組めるか。企業の規模や宣言ではありません。 

この違いは、詳しくは第4章で解説します。 

📊 2. 【早見表】注目7制度の補助額予想と公募時期 

まず全体像です。図と表は、社内でそのまま回覧できる形にまとめました。 

制度名	令和9年度 要求額	1事業あたりの 補助額 （予想）	こんな会社に向いています（公募時期の予想）
① 産地連携促進総合対策事業	70.84億円 （前年度当初 0.1億円）	2〜3億円 補助率1/2	国産原料を増やしたい菓子・パン・惣菜・調味料メーカー。セントラルキッチンを持つ外食・中食 （2027年3〜4月に公募。当初予算化で後ろ倒しなら6〜7月）
② 食品産業の輸出向けHACCP等対応施設整備事業	61.28億円 （前年度当初 1.23億円）	6億円前後 補助率1/2 ※1億円の可能性も	輸出に向けて工場を改修・新設したい食品メーカー。輸出実績がなくても、輸出の計画があれば候補 （2026年秋〜12月に都道府県へ相談。年度内に複数回の募集があります）
③ 強い農業づくり総合支援交付金 （食料システム構築支援タイプ）	138.15億円 （交付金全体。 前年度当初 120.13億円）	3年計画で 1年最大20億円 （整備事業・3年以内）	野菜の洗浄・カット・冷凍など、農産物の一次加工工場を産地と組んでつくる会社 （食料システム構築計画の承認が前提。国への直接公募で、令和8年度は1月下旬と4月の2回）
④ 農山漁村振興交付金 （加工・販売施設）	99.70億円 （交付金全体。 前年度当初 70.45億円）	1〜2億円 交付率3/10〜1/2	地方で地域の原料を使う加工場や直売所をつくり、地域に雇用を残す会社 （2026年秋に自治体へ相談。要望調査は2027年1〜2月）
⑤ 戦略的な輸出サプライチェーン構築対策事業	31.51億円 （前年度当初 3.03億円）	数千万〜数億円 補助率1/2	産地・メーカー・商社・海外の売り手がチームを組み、ある国で継続して売る仕組みを試したい会社 （2027年3月ごろ公募）
⑥ フードテック活用食品産業効率化支援事業	5.8億円 （前年度当初 は計上なし。新規）	数千万円規模 （現行の近い事業は 上限4,000万円）	人手が足りない工程をロボットやAIに置き換えたい工場。来年度は飲食業（店舗・セントラルキッチン）も対象に （2027年3月ごろ公募）
⑦ スタートアップ日本成長戦略フードテック対策	367.5億円 （新規）	1件 最大50億円 ／10億円 補助率2/3	主役はスタートアップ。食品企業は技術を「買う・使う」と表明する側（オフテイク宣言）や出資する側として関わる （2027年夏〜秋に公募、年末ごろ採択）

※補助額は、現行制度の上限と今回の要求額から筆者が予想したものです。公募時期は現行制度の運用からの見通しであり、2027年度の公募日程ではありません。 

🏭 3. 【制度別】7制度は、どんな会社のための予算か 

ここからは制度ごとに、どんな会社のための予算なのかを見ていきます。それぞれ詳しい解説記事があるので、自社に近いと感じたものはリンク先も読んでみてください。 

① 産地連携促進総合対策事業｜原料を国産に替える会社へ 

食品企業と、その原料を支える産地とのつながりを強くし、国産原材料を安定して調達しながら食品産業を伸ばしていく。そのための制度です。要求額70.84億円のうち、食品企業への支援にあたる「産地連携支援」が70.64億円を占めます。 

軸になるのは「国産原材料の取扱量を10％以上増やす」という数字です。間違えやすいのは、国産の「比率」ではなく「取扱量」だという点。国産小豆を年に100トン使っている会社なら、110トン以上に増やす計画が必要になります。なお現行の令和7年度補正では、1件あたりの上限は2億円で、産地を支援する取組を含む場合に3億円まで広がります。 

今回いちばん大きな変化は、支援の対象者に「外食・中食事業者等」が明記されたことです。現行の令和7年度補正の公募は「食品製造事業者等」が対象でしたから、セントラルキッチンを持つ外食や中食の会社にとっては、新しく開いた入口になります。あわせて概算要求の資料では、この産地連携支援は食料システム法の計画認定を要件化すると整理されています。認定には時間がかかるため、秋のうちに着手しておきたい点です。 

 

② 輸出向けHACCP等対応施設整備事業｜輸出実績ゼロでも候補になる 

輸出先国が求める規制や認証に対応するための、工場の改修と機器の整備を支援する制度です。HACCP、FSSC、JFS-C、有機JASなどの認証取得と、検疫や添加物などの規制対応が対象になります。 

経営者がよく持つ誤解が3つあります。「輸出の実績がないと無理」「認証を取った会社は対象外」「新工場の建設費が出る」。どれも正確ではありません。 

この制度が見ているのは、過去の輸出額より、これからの輸出の筋道です。どの国に、何を、誰を通じて売るのか。この筋道が描けるなら、今の輸出が小さくても検討の対象になります。また、すでに認証を取得している事業者が、その認証を維持しながら関連する機器を整備する場合も対象として要綱に書かれています。 

一方で、新しく建てる場合や増築する場合に出るのは建設費の全額ではなく、規制対応のために追加でかかる「掛かり増し経費」です。機器の導入費と既存施設の改修費は、その費用が対象になります。ただし改修のうち、事務室や休憩室など食品製造に直接関わらない部屋は対象から外れます。 

③ 強い農業づくり総合支援交付金｜一次加工の会社が「拠点」になる 

食品企業などが「拠点事業者」となり、農業者と連携して、生産から流通までの課題をまとめて解決する取組を支援します。食料システム構築支援タイプ、産地基幹施設等支援タイプ、卸売市場等支援タイプの3タイプがあり、食品企業にとって大事なのは食料システム構築支援タイプです。 

ここで一つ、大事な線を引いておきます。この交付金は、基本的に農産物の一次加工を行う会社の制度です。野菜を洗い、切り、冷凍する。穀物を選別し、加工する。こうした農産物に近い工程を担う会社が対象で、菓子・パン・麺・惣菜・調味料といった二次加工のメーカーは対象から外れやすくなります。その受け皿が、①の産地連携です。 

他の制度にない特徴が、3年計画が認められることです。補助金の多くは単年度で完了させる前提なので、納期の長い設備や段階的な工場整備では1年が大きな制約になります。3年で組み立てられるなら、建設と設備導入を無理なく並べられます。

④ 農山漁村振興交付金｜地域に何を残すかを問う 

地域の資源を活かして、新しい価値や所得、雇用を生む取組への支援です。その中に、農林水産物の処理加工施設や販売施設の整備が含まれます。 

問われるのは施設の性能ではなく、その施設が地域に何を残すのかです。地域の原料を使い、地域の人が働き、地域で売り続けられるか。地方に工場を建てるだけでは対象になりません。 

加工・販売施設の整備にあたる産業支援型は、類型ごとに交付率と上限額が異なります。国から都道府県への要望調査が入口ですが、自治体によってはそれより前に独自の締切を設けることがあるため、全国の公募を待つのではなく、先に自治体の窓口に相談することが大切です。 

⑤ 戦略的な輸出サプライチェーン構築対策事業｜チームで「売り続ける」を試す 

一社ではなく、国内の産地やメーカー、商社、海外の売り手がチームを組み、ある国で継続して売るための物流と販売を試す費用を補助します。要求額31.51億円の内訳は、コンソーシアムによる実証が28.21億円、投資可能性調査支援が2.9億円（新規）、利子助成が0.4億円です。 

輸出でよくあるのは、展示会や商談会で一度は売れても、二回目、三回目が続かないという悩みです。量がそろわない、現地に届くまでに品質が落ちる、現地の売り場で定番にならない。この「続かない理由」を、チームで一つずつ試して解決するための事業だと考えると分かりやすいと思います。 

自社工場の輸出対応の改修は、この事業ではなく②のHACCPハード事業の対象です。「工場」はHACCPハード、「売り先までの仕組み」はこちら、と分けて考えてください。 

⑥ フードテック活用食品産業効率化支援事業｜人手が足りない工程を機械に 

人手が足りない工程を、AIやロボットの機械に置き換える費用の一部を補助する事業です。支援は「業種横断型プロジェクト支援」「食品製造業生産性向上モデル支援」「飲食業生産性向上モデル支援」の3つに分かれています。 

来年度の新しい点は、飲食業向けの区分が設けられることです。店舗やセントラルキッチンの調理・洗浄・盛付などを機械化する取組も対象に入ってくる見込みです。 

現行の近い事業（令和7年度補正の省力化技術導入支援事業）では、惣菜工場の盛付ロボット、パン工場の自動パン粉付け機、自動箱詰め装置、AI付きX線検品装置などを対象機械の例に挙げ、上限4,000万円・補助率1/2（中堅・中小企業が対象）で支援しています。ただし要求額5.8億円は、全国の工場や店舗の機械化を広く支える規模ではありません。業界の「お手本」になる会社を選ぶ事業で、件数は多くないと考えてください。 

⑦ スタートアップ日本成長戦略フードテック対策｜食品企業は「買い手」として関わる 

要求額367.5億円。7制度の中で最大の予算ですが、お金が出る相手が違います。主役は食品企業ではなくスタートアップです。 

植物工場、陸上養殖、食品機械、新規食品の4分野で、スタートアップが持つ新しい技術を、研究室の段階から量産して売れる段階まで引き上げる大規模な実証を支援します。事業化支援実証タイプが1件あたり上限50億円、事業化誘導実証タイプが上限10億円、補助率は2/3以内（参加する大企業は1/3以内）です。 

食品企業の関わり方の鍵になるのが「オフテイク宣言」です。技術や商品を買う側・使う側が、「この技術がこの状態になれば、こういう形で導入・取引する」という意思を示すもので、売買契約までは求められていません。自社の設備更新には使えませんが、人手不足の現場をいちばんよく知っているのは食品企業です。 

⚖️ 4. 【比較】経産省は「宣言」を求め、農水省は「つながり」を問う 

食品企業の経営者と補助金の話をすると、よく二つの声を聞きます。規模の大きな会社からは「うちは大企業だから、補助金は対象外でしょう」。規模の小さな会社からは「うちみたいに小さい会社は、相手にされないでしょう」。 

正反対に聞こえますが、根っこは同じです。「補助金は、企業の規模で対象が決まる」という思い込みです。経産省の補助金なら、これは半分正しい。しかし農水省の補助金では、正しくありません。 

補助金は「目的」で読む 

補助金を読むとき、私が最初に見るのは金額でも補助率でもなく、その省の「目的」です。目的が違えば、助けたい相手が違い、求められる数字も違うからです。 

	経済産業省	農林水産省
目的	中小企業・中堅企業を育てること	食料の自給と、農林水産物・食品の輸出
だから	企業規模で対象を区切り、売上の成長と賃上げを求める	規模は問わず、国産原料・輸出・産地や地域とのつながりを求める
令和9年度の 方向性	新事業進出・ものづくり商業サービス補助事業（2,200億円）で「売上高10億円を目指す宣言」を原則として要件化。成長加速化補助金は「売上高100億円超を目指す」企業が対象	食料システム法の計画認定を横串にし、産地連携・強い農業づくり・フードテックを束ねる。企業規模の要件はない
求められる 数字の例	付加価値額の年平均成長率、給与支給総額の年平均上昇率、事業場内最低賃金（求められる指標は制度ごとに異なります）	国産原材料の取扱量10％増（産地連携）／輸出事業計画の認定（HACCPハード）／農業者との連携（強い農業づくり）／地域の所得と雇用（農山漁村振興）

大企業が国産原料を大量に使えば産地は潤い、大企業が輸出を伸ばせば輸出額は増えます。農水省から見れば、規模は関係ないのです。実際、産地連携、HACCPハード事業、強い農業づくりの3制度は、大企業でも申請できます。 

同じ機械でも、入口が変わる 

年商300億円の冷凍食品メーカーが、国産野菜の使用量を増やすために新しい加工ラインを入れる場合。経産省の目で見れば「中小企業ではない」で終わるかもしれませんが、農水省の目で見れば「国産野菜の取扱量が増える投資」として、産地連携や強い農業づくりの入口に立てます。 

年商5億円の和菓子屋が新しい包装機を入れる場合。単なる更新なら、農水省の入口には立ちにくい。しかし、その包装機で国産原料を使った商品を増やし、国産原料の取扱量を10％以上増やす計画なら、産地連携の候補になります。 

同じ機械でも、「何のための投資か」で入口が変わるのです。 

※年商や業種は、考え方を示すための例です。 

💰 5. 【落とし穴】額面5億円が、実質0.7億円になる 

経産省系の補助金を検討するとき、見落とされがちな論点があります。要件を満たすためのコストです。 

中小企業成長加速化補助金は、現行の公募で補助上限5億円・補助率1/2・投資額1億円以上。そのうえで、100億宣言をポータルサイトで公表していることと、給与支給総額（または従業員1人当たり給与支給総額。どちらを目標にするかは申請時に選べます）を年平均4.5％以上引き上げることが求められます。 

上限5億円は魅力的です。ただ、ここに落とし穴があります。 

もちろん、賃上げそのものは必要な経営判断です。ただ、補助金を選ぶ場面では、「額面」ではなく、要件を満たすためのコストを引いた「実質」で比べる必要があります。 

一方、産地連携やHACCPハード事業には、こうした賃上げの要件はありません。求められるのは、国産原料を増やすこと、輸出に対応すること、産地と組むこと。投資の目的がそこにあるなら、実質で見て農水省の補助金のほうが有利になる場面は、少なくありません。 

※試算はアカネサスが個別の提案で行ったもので、要件や人員構成によって結果は変わります。 

📅 6. 【スケジュール】動くのは春ではなく、この秋｜稼働日からの逆算 

動かせない線、完了期限 

補助金の事業には、動かせない線が一本あります。事業の完了期限です。 

決められた期限までに、発注・納品・据え付け・支払いを済ませ、実績を報告しなければなりません。この期限は、追加募集や2次公募で応募しても延びません。令和7年度補正のHACCPハード事業であれば、どの回で採択されても令和9年3月までに完了させる必要があります。つまり、後の回で応募するほど使える工期は短くなります。追加募集はチャンスに見えて、実は時間との勝負です。 

稼働日から、逆算してみる 

補助金のスケジュールは、申請の締切からではなく、機械が動き出す日から逆算します。2027年度にHACCPハード事業を使って冷凍ラインを増設する場合を、建屋の増築を伴い機械の納期は7か月として並べてみます。 

時期	やること
2026年10月	都道府県に初回相談。輸出事業計画の相談を始める
2026年11月	設計事務所と図面、機械メーカーと見積。金融機関に融資を相談
2026年12月	要望調査に書類を提出
2027年3月	採択
2027年5〜6月	交付決定。ここで初めて発注・契約できる
2027年6〜7月	建築確認申請、増築工事の着工
2028年1月	機械の納入、据え付け、試運転
2028年2月	事業完了、実績報告

こうして並べると、余裕がほとんどないことが分かります。交付決定の前に発注や契約をすると、その費用は原則として補助の対象外です。建築確認が1か月遅れれば、工事も機械の納入も1か月ずつ後ろにずれ、2月の完了期限にぶつかります。 

実際に、補助金のスケジュールを崩すのは申請書の出来ではなく、建築確認のような「補助金の外側の手続き」であることがほとんどです。 

※月や納期は、考え方を示すための例です。実際の日程は制度・地域ごとに確認が必要です。 

2年がかりのサイクル 

だから、農水省の設備投資の補助金は2年がかりで考えます。HACCPハード事業と農山漁村振興交付金は、次のサイクルで動きます。 

強い農業づくりの食料システム構築支援タイプは、都道府県を通さず国が直接公募する仕組みです。食料システム構築計画の承認を前提に、令和8年度は1月下旬と4月に募集がありました。3年の計画が認められるのもこの制度だけで、それ以外は単年度が前提です。 

補助金は補正予算から当初予算へ移り始めましたが、このサイクルは変わらないと私は見ています。12月の要望調査に向けて書類を揃える。この秋に動かなければ、2027年度の枠には間に合いません。 

産地連携だけは、入口が違う 

例外は産地連携です。この制度は、国が民間団体を事務局に選び、その事務局が事業者を公募します。都道府県を通す要望調査はないため、入口は春以降。従来どおりなら3〜4月、当初予算に移って後ろ倒しになるなら6〜7月です。 

それでも、秋にやることはあります。どの原料を、どの産地から、どれだけ増やすのか。その数字は、公募が始まってから集めていては間に合いません。 

✅ 7. 【準備】12月までに揃える5つのもの 

「秋に動く」と言っても、具体的に何を揃えればいいのか。要望調査の時点で求められる、または間に合わせておきたいものは、次の5つです。そのまま社内のチェックリストとしてお使いください。 

	揃えるもの	中身
☐	① 事業計画	何のために、何を整備し、何がどれだけ変わるのか。HACCPハード事業では、輸出事業計画の認定を受けることが要件です。自治体の案内にも「計画の作成に時間を要します」「ご相談いただいたタイミングによっては、ご希望の時期に補助を受けられない可能性があります」（大阪府）と書かれています。産地連携では、食料システム法の計画認定が要件化される見込みです
☐	② 図面と見積	どの設備に、いくらかかるのか。補助の対象になる部分と、ならない部分を切り分けられる粒度が必要です
☐	③ 資金の段取り	補助金は後払いです。HACCPハード事業の現行制度では、全体事業費の10％以上を金融機関等から借り入れることも要件になっています。秋のうちに、金融機関に計画を見せておきます
☐	④ 建物の段取り	新築や増築を伴うなら、設計事務所と建築確認申請の時期を確認します。最も読みにくい工程です
☐	⑤ 連携先との合意	産地連携なら産地、強い農業づくりなら農業者、農山漁村振興交付金なら自治体や地域。相手のある話は、自社の都合だけでは進みません

この5つが12月に揃うかどうかで、2027年度に間に合うかがほぼ決まります。 

なお、公募に合わせて不要な投資を足す必要はありません。想定と合わなければ、計画や時期を見直せばよいのです。補助金は、投資を決める理由ではなく、決めた投資を軽くする道具です。 

お金の時間も、逆算する 

もう一つ逆算してほしいのが、お金の時間です。補助金は原則として後払いです。設備の代金を先に支払い、実績の確認を受けてから補助金が入ってきます。その間の資金は、自社で用意しなければなりません。 

採択は、ゴールではありません。入金までのつなぎ資金を確保できるか。補助対象にならない費用まで資金計画に入っているか。採択されても資金が続かなければ、投資は経営を苦しめます。 

❓ 8. 【FAQ】概算要求と2027年度の補助金、よくある質問 

Q1. 概算要求の金額は、そのまま予算になるのですか？ 

なりません。概算要求は、各省が財務省に「来年度はこれだけ必要です」と申し入れた段階の数字です。12月の政府案（予算案の閣議決定）で金額が調整され、翌年3月の国会での成立をもって確定します。要求額から減るのが通例ですが、今回のように補正予算から当初予算へ振り替わる場合は、要求額に近い水準で残ることもあります。 

Q2. 「前年度比50倍」とありますが、本当にそれだけ増えたのですか？ 

実質的には増えていません。比較の相手が前年度の当初予算だからです。HACCPハード事業は前年度当初1.23億円に対して要求61.28億円ですが、令和7年度補正では60.05億円が措置されていました。補正で出ていた分が当初に移ったと理解するのが正確です。ただし産地連携は、令和7年度補正の49.00億円に対して令和9年度の要求が70.84億円ですから、こちらは実額でも約1.4倍に増えています。 

Q3. 大企業でも申請できますか？ 

産地連携、HACCPハード事業、強い農業づくり総合支援交付金は、いずれも企業規模の要件がなく、大企業でも申請できます。農水省の補助金は食料の自給と輸出のためのお金で、規模ではなく国産原料や輸出、産地との連携を問うからです。一方、経産省系の補助金は中小企業・中堅企業を対象に区切るものが中心です。 

Q4. 輸出の実績がなくても、HACCPハード事業は使えますか？ 

検討の対象になります。この制度が見ているのは過去の輸出額ではなく、これからの輸出の筋道だからです。どの国に、何を、誰を通じて、どれくらいの数量をいつから売るのか。この筋道が描け、輸出事業計画の認定を受ける（または確実に受ける見込みがある）のであれば、今の輸出が小さくても、まだ始めていなくても候補になります。ただし成果目標として輸出額を2千万円以上増やすことが求められ、審査の配分基準では過去の輸出実績も加点の対象です。実績がないと、点数の面では不利になります。 

Q5. 公募はいつ始まりますか？ 

制度によって入口が違います。HACCPハード事業と農山漁村振興交付金は都道府県や自治体を通す仕組みで、前年の秋から12月に相談・要望調査を行います（HACCPハード事業は年度内に複数回の募集があります）。強い農業づくりの食料システム構築支援タイプは国への直接公募で、令和8年度は1月下旬と4月の2回でした。産地連携は国が選んだ事務局による公募で、従来どおりなら3〜4月、当初予算化で後ろ倒しになれば6〜7月と見ています。いずれも予想であり、正式な日程は公募要領の公表を待つ必要があります。 

Q6. 補助金は後払いですか？ 

原則として後払いです。設備代金を先に支払い、実績報告と検査を経て入金されるため、その間のつなぎ資金は自社で用意する必要があります。交付決定の前に発注・契約をした費用も、原則として対象外です。 

Q7. 食料システム法の「計画認定」は、取っておいたほうがいいですか？ 

2027年度の補助金を狙うなら、検討する価値があります。令和9年度の概算要求では、産地連携や強い農業づくりなどが食料システム法に基づく支援として整理され、資料には「計画認定制度の認定を要件化」「認定を受けている場合、審査時にポイント加算」といった表現が並んでいます。産地連携支援は「要件化」と整理されている一方、強い農業づくりの食料システム構築支援タイプは、認定を受けていれば計画策定が不要になる扱いです。制度によって必須か加点かが分かれるため、公募要領での確認が必要ですが、認定件数は2026年8月末時点で111計画と、目標の1,000件にはまだ遠い状況です。 

📝 まとめ：採択は「建てる前」に決まる 

2027年度の補助金を狙うなら、この秋に答えておきたい問いが3つあります。 

この三つに12月までに答えられる会社は、2027年度の補助金に間に合います。 

補助金は、申請書を書き始めた時点で勝負が決まるものではありません。どこに工場を建てるか、どの産地と組むか、何を輸出するか。その判断をした時点で、採択されるかどうかはほとんど決まっています。採択は、建てる前に決まっているのです。 

12月の政府案で金額は動き、3月の予算成立と公募要領で条件は変わります。それでもこの段階でお伝えするのは、国産原料、輸出、地域との連携、省力化の数字が、どれも募集開始後に急には作れないからです。 

（注）補助額は、現行の上限（令和7年度補正・令和8年度の公募条件等）と要求額にもとづく筆者の予想です。補助率・上限・対象は、予算の成立と公募要領で変わります。個別の企業・経費が対象になるかは、公募要領でご確認ください。