【大型成長投資補助金 完全攻略シリーズ　第7回（最終回）】 大型成長投資補助金と農水省補助金 どう使い分けるか｜目的・規模別の選択基準

全7回シリーズの最終回です。食品メーカーが活用できる補助金は、経済産業省（経産省）と農林水産省（農水省）の2つの省庁からそれぞれ出ています。今回はこの2つの補助金体系を比較しながら、「自社にはどちらが合うのか」を判断するための基準を整理します。 

「経産省と農水省、どちらに申請すればいいのか迷っている」という方は、ぜひ最後まで読んでみてください。 

まずは、2つの省庁の補助金がそれぞれどんな目的で設計されているか、基本的な考え方から確認しましょう。 

食品メーカーが使える2つの補助金体系 

食品製造業は、経産省と農水省の両方の補助金を使える珍しい業種です。ただし、それぞれ「何のための補助金か」という目的が大きく異なります。 

2つの省庁の補助金の目的・対象・代表的な制度を以下に整理しました。 

🏭 経済産業省の補助金	🌾 農林水産省の補助金
【政策目的】 産業競争力強化、賃上げ、DX（デジタル技術を活用した業務改革）推進	【政策目的】 食料安全保障（国内で必要な食料を安定して確保できる状態）、国産原料活用、輸出促進
【主な対象】 製造業全般（食品含む）	【主な対象】 食品製造業、農業者、流通業
【重視する指標】 売上成長、賃上げ率、DX・自動化	【重視する指標】 国産原料使用、輸出額、HACCP対応
【代表的な補助金】  大規模成長投資補助金  成長加速化補助金	【代表的な補助金】  食品産業の輸出向けHACCP等対応施設整備事業  食品原材料調達安定化対策事業

2つの違いがわかったところで、次は補助上限・補助率・採択率など具体的な数字で比べてみましょう。 

経産省 vs 農水省：補助金の詳細比較 

補助金を選ぶ際に確認すべき主要項目を、以下の表で比べてみましょう。 

比較項目	経産省系補助金	農水省系補助金
補助上限額	5億円〜50億円	数千万円〜15億円程度
補助率	1/3〜1/2	1/2〜2/3（高め）
賃上げ要件	必須（4〜5%/年）	なし or 緩やか
売上規模要件	10億円以上が目安	規模要件なし（小規模も可）
建物費	対象（新築OK）	対象（新築OK）
採択率	10〜50%（公募回による）	20〜40%（比較的高め）
審査の特徴	経営者プレゼン審査あり	書類審査中心
重視されるポイント	成長性、DX、賃上げ計画	国産原料、HACCP、輸出

比較表の内容をふまえて、次は「では自社はどちらを選べばいいのか」を具体的に考えていきましょう。 

自社に合った補助金の選び方 

どちらの補助金が向いているかの判断基準は、「投資の目的」と「今の自社の状況」です。それぞれのチェックリストを確認してみてください。 

「どちらも当てはまる」「段階的に両方使いたい」という場合は、次の使い分け戦略が参考になります。 

補助金の併用・使い分け戦略 

「同じ設備に2つの補助金を重ねることはできない」というルールがある一方、時期や投資内容を分ければ両方を活用することもできます。3つの戦略を以下にまとめました。 

💡 賢い補助金活用の3つの戦略 

戦略の方向性が見えたところで、「うちはどれが合うか」を3つの質問で判断してみましょう。 

補助金選びの判断フローチャート 

次の3つの質問にYES/NOで答えるだけで、どちらの補助金が自社に合うかがわかります！ 

📊 3つの質問で判断する 

Q1. 投資額は10億円以上ですか？ 

YES → 経産省系が有力候補（大規模成長投資補助金は投資額10億円以上が条件） 

NO  → 農水省系も検討対象、または成長加速化補助金（1億円以上） 

Q2. 年4〜5%の賃上げを3年間継続できますか？ 

YES → 経産省系に挑戦可能（賃上げ要件を満たせる） 

NO  → 農水省系を優先検討（賃上げ要件なし or 緩やか）

Q3. 主な投資目的は何ですか？ 

生産能力拡大・DX・自動化 → 経産省系 

HACCP対応・輸出強化・国産原料活用 → 農水省系 

最後に、全7回シリーズを通じて押さえておきたいポイントをまとめて振り返りましょう。 

シリーズ全体のまとめ 

第1回から第7回まで、経産省の補助金を中心に解説してきました。各回の要点を以下にまとめます。 

補助金は、うまく活用すれば設備投資のハードルを大きく下げ、会社の成長を加速させる強力なツールです。このシリーズが、貴社の補助金活用のお役に立てれば嬉しいです。 

また、補助金のことで気になることがあれば、この記事の末尾にあるリンクから無料でご相談いただけますのでお気軽にご予約ください。